"Ни одна догма, заученная существующей цивилизацией, не формирует столь непреодолимого, поддерживаемого культурой препятствия для правильного понимания дикой природы, как та, что заявляет, будто мир создан для использования людьми. Каждое животное, растение и кристалл оспаривают это простейшим образом. И тем не менее эта догма вдалбливается из века в век как нечто новое и драгоценное, и в проистекающей тьме без возражений принимаются самые чудовищные самомнение и тщеславие."
(John Muir, "Wild Wool", 1875)

Благодаря его усилиям и его дружбе с президентом США Теодором Рузвельтом (который сделал очень много для охраны природы в Америке), ему удалось присоединить к парку Йосемите Yosemite Valley и Maripose Grove и превратить Yosemite из охраняемой территории штата Калифорния в Национальный парк.
В первую очередь благодаря Мюиру были созданы Sequoia National park в Калифорнии, Mount Rainier National Park в штате Вашингтон и ряд других. Джон Мюир был одним из основателей Sierra Club, одной из ведущих организаций по охране природы в США.
Очень характерной для того времени была дружба, а затем почти вражда Мюира с другим человеком, внесшим огромный вклад в дело охраны природы в США - Gifford Pinchot. Гиффорд Пиншо был первым руководителем Лесной службы США (US Forest Service). Он был практик, не поддерживал полного изъятия территорий из хозяйственного пользования, как Мюир, а выступал за рациональное использование природный ресурсов с тем, чтобы их хватило на жизни многих поколений. Лес он предлагал рассматривать как "ферму для выращивание деревьев", и его принцип "сколько срубил, столько и посади" и сегодня лежит в основе Лесного хозяйства США.
Джон Мюир выступал за создание заповедных территорий, полностью изъятых из хозяйственного пользования, таких, как национальные парки или wilderness. Он считал это необходимым потому, что не все в этом мире создано для людей,а также потому, что это необходимо самим людям для их духовного развития. Будучи глубоко религиозным человеком Мюир, в отличие от своего отца, религиозного фанатика, который заставлял сына учить наизусть Библию и ставил человека выше всех, кроме Бога, считал природу выражением Бога на Земле, а такие места, как долина Йосемите, он считал храмами, куда люди могут приходить, чтобы общаться с Богом и обогащать себя духовно. Промышленное освоение таких мест Мюир считал осквернением Храма и кощунством, проводя параллель с торговлей в Храме.
"В божественной необитаемости заложена надежда мира – великая, свежая, незагубленная и неиспорченная дикая природа. Натирающая упряжь цивилизации спадёт, и раны заживут еще прежде, чем мы это осознаем." (Аляска, 1890).
"Каждому как хлеб необходима красота; места, чтобы резвиться и молиться, где природа может излечить и дать силу душе и телу." (Йосемите, 1912).
Сегодня очевидно, что в подходах Мюира и Пиншо нет противоречия, что они дополняют друг друга, но в то время они рассматривались как противоположные взгляды на охрану природы (Preservation vs Conservation). И когда Пиншо заявил о своей поддержке выпаса овец на территории Йосемите, Мюир полностью разорвал с ним все отношнения.
Самой большой трагедией для Джона Мюира стала проигранная многолетняя борьба за Hetch Hetchy - удивительно красивой долины в горах Sierra Nevada. Джон Мюир и Sierra Club в течении многих лет боролись за сохранение этой долины в составе парка Йосемите, но в конце концов там были построены плотина и водохранилище для снабжения водой Сан Франциско. Одним из решающих аргументов в пользу водохранилища стало то обстоятельство, что в то время парк Йосемите посещало всего около 2-х тысяч человек в год, а в Сан Франциско жило более 50-и тысяч (для сравнения: сегодня население Сан Франциско составляет около 900 тысяч человек, Yosemite National Park ежегодно посещают около 3.8 миллиона человек со всего мира). Однако сейчас ведутся серьезные разговоры о возможном сносе этой плотины, т.к. ученые высказывают мнение, что после сноса долина Hetch Hetchy в течении нескольких десятков лет может восстановиться до практически первоначального состояния. Так что возможно, что Джон Мюир все-таки победит, пусть и более чем через сто лет после своей смерти.
"Дикая природа — необходимость. Я теряю драгоценные дни. Я вырождаюсь в машину для зарабатывания денег. Я ничему не учусь в этом ничтожном мире людей. Я должен вырваться на волю, уйти в горы, чтобы узнать новое." Джон Мюир